Penelitian menunjukkan bahwa efek negatif khitanan adalah menimbulkan trauma. Proses sunat menimbulkan rasa sakit, meningkatkan tekanan darah dan meningkatkan denyut jantung secara signifikan. Obat anestesi yang diberikan bahkan tidak dapat membantu untuk menghilangkan trauma tersebut.

Bahaya sunatan ini memberikan efek trauma pada jangka panjang. Dari penelitian terhadap 500 orang sunat ditemukan bahwa sunat memberikan efek psikis yang tidak baik. Orang sunat tersebut mengatakan bahwa mereka merasa mudah marah, malu dan merasa telah menjadi korban mutilasi. Dalam hal pengembangan diri, mereka mengalami kesulitan karena tidak percaya diri, takut dan tidak mudah percaya pada orang lain.

Tidak hanya itu saja, para orang sunat yang merasa menjadi korban ini mengatakan bahwa mereka mengalami kesulitan dalam berinteraksi dengan orang lain khususnya lawan jenis. Mereka cenderung menghindari keintiman dan kurang peka terhadap lawan jenis.

Efek negatif khitanan ternyata juga berhubungan dengan sang ibu. Sunat yang dilakukan pada bayi atau anak kecil bisa mempengaruhi hubungannya dengan sang ibu. Seorang anak cenderung akan langsung mengkonsepkan sang ibu sebagai penanggung jawab dan penyebab dia harus merasakan sakit karena sunat. Hal ini terjadi terutama pada bayi. Akibatnya ikatan antara bayi dan ibunya menjadi berkurang karena kepercayaan bayi terhadap ibunya berkurang.

Rasa trauma yang dialami bayi ini kemudian dapat membuatnya enggan menyusui. Bahkan tangis bayi yang akan sering terjadi karena rasa sakit disunat dapat membuat ibu merasa stres. Bayi yang trauma menjadi tidak bisa mengkomunikasikan kebutuhannya dan hanya menangis. Di sisi lain, ibu juga stres karena tidak bisa mengerti apa yang dibutuhkan oleh bayi. Hal ini akan berdampak buruk bagi hubungan keduanya.

Dalam perkembangannya menjadi seorang pria, trauma disunat bisa menyebabkan pria tersebut memiliki perasaan rendah diri, takut dan cemas akan hubungan seksual. Perasaan ini nyatanya akan mempengaruhi komunikasi dan level keintimannya saat berhubungan dengan wanita. Semakin rendah penghargaan terhadap diri sendiri dan semakin rendah sensitivitas seksualnya maka aktivitas seksual akan berkurang dan mengganggu ikatan pasangan itu.

Orang sunat telah mengalami kehilangan bagian kulit penisnya. Padahal kulit penis ini berperan dalam meningkatkan kenikmatan seksual. Akibatnya pria yang disunat mengaku merasa kehilangan sensitivitas alat kelaminnya. Hal ini ikut berpengaruh dalam melakukan hubungan seksual dengan wanita. Beberapa wanita yang diteliti mengemukakan bahwa mereka memiliki kepuasan yang lebih besar saat berhubungan seksual dengan pria yang tidak disunat.

Peneliti juga menunjukkan bahwa pria yang trauma memiliki tingkat toleransi yang lebih rendah dalam menghadapi stres. Hal ini membuat pria cenderung menghindari situasi tertentu seperti konflik dalam pernikahan. Akibatnya konflik yang terjadi tidak sepenuhnya beres dan bisa berdampak negatif bagi pernikahan itu sendiri. Ternyata efek negatif khitanan bisa mempengaruhi kondisi dalam rumah tangga.

Bahaya sunatan lainnya dari hasil penelitian adalah berkaitan dengan tindakan kekerasan pria terhadap wanita. Pria yang disunat lagi-lagi memiliki penghargaan diri yang rendah dan hal ini mempengaruhi tingkah lakunya. Mereka cenderung memiliki tingkat kecemburuan yang tinggi. Kecemburuan ini bisa memancing amarah mereka dengan cepat dan menyebabkan mereka bertindak kasar pada wanita.

Hal lain mengenai khitanan menyangkut apakah ada kaitan antara pria yang disunat dengan tingkat operasi yang tidak perlu bagi wanita? Penelitian di negara Eropa yang prianya jarang disunat, rata-rata operasi yang sebenarnya tidak perlu pada wanita lebih rendah. Hal yang sebaliknya terjadi di Amerika. Menurut literatur psikologi, orang yang telah mengalami trauma cenderung ingin membuat orang lain mengalami trauma yang sama. Oleh sebab itu, bisa saja pria yang telah disunat memberikan saran bagi wanitanya untuk melakukan operasi kelamin apapun itu yang sebenarnya tidak perlu.